Die Theologie versteht sich als wissenschaftliche Auseinandersetzung mit den Grundlagen des Glaubens. Anders als manche Vertreter der Naturwissenschaft geht die Theologie jedoch gleichzeitig von der Unmöglichkeit eines rein objektiven, neutralen Standpunktes aus, vor allem in der Beschäftigung mit dem Glauben. Aus diesem Grund bekennen sich die meisten Theologen zu einer konkreten Konfession.

Viele der in der Theologie üblichen Analysesysteme und Methodiken werden auch in dem Bereich der Linguistik, der Philosophie oder der Geschichtswissenschaft benutzt. Dies ermöglicht den wissenschaftlichen Diskurs zwischen evangelischen, katholischen, orthodoxen, jüdischen, atheistischen und andersgläubigen Wissenschaftlern, wie er zu dem Beispiel in der Religionsgeschichte und in der Biblischen Wissenschaft (Exegese) üblich ist. Dennoch hat jede Theologie ihr Spezifikum in der Art und Weise, wie sie ihren "Gegenstand" (Materialobjekt) und ihren methodischen Zugang (Formalobjekt) definiert. Beispielsweise ist für die christliche Theologie primär der dreieinige Gott selber das "Materialobjekt", während der spezifische Zugang zu ihm durch Offenbarung in die Bestimmung des Formalobjekts eingeht.

Der Begriff theologia (Reden von Gott) wurde bereits in dem zweiten Jahrhundert von christlichen Autoren benutzt, insbesondere um den Kontrast zur mythologia (Reden von Mythen) der polytheistischen heidnischen Autoren aufzuzeigen. Bei Eusebius bedeutet der Begriff dann etwas wie "das christliche Verständnis von Gott". Bei allen patristischen Autoren bezog sich der Begriff jedoch nicht auf die christliche Lehre in dem Allgemeinen sondern ca. auf die Aspekte von ihr, die sich direkt auf Gott bezogen. So wurden als einzige frühchristliche Autoren der Autor des Johannesevangeliums und Gregor von Nazianz spezifisch als Theologen genannt, weil Gott bei ihrer Lehre in dem Mittelpunkt stand.

Im Hochmittelalter, als die ersten Universitäten theologische Fakultäten hatten, bekam der Begriff dann bei Peter Abaelard und Bonaventura erstmals die allgemeinere Bedeutung das Gebiet des heiligen Wissens", das die gesamte christliche Lehre umfasste. Zu dem feststehenden Begriff in diesem Sinn wurde Theologie dann insbesondere aufgrund der Summa Theologia von Thomas von Aquin, der Theologie in erster Linie als spekulatives und theoretisches Gebiet sah.

Erst die Reformatoren versuchten, die praktischen Aspekte der Theologie wiederzufinden. So waren viele frühe protestantische Akademien und Seminarien speziell auf die Ausbildung von Pastoren ausgerichtet. Spätere protestantische Autoren, die an Universitäten unterrichteten, kamen wieder zu dem mittelalterlichen Verständnis der Theologie als theoretischem Gebiet zurück, auch wenn sie deutlich machten, dass sie bestimmte praktische Implikationen auf dem Gebiet der Spiritualität und der Ethik hatte.

Die theologische Beschäftigung mit dem Glauben ist vor allem für das Christentum sowie für das Judentum eigentümlich, da die theoretische Reflexion des Glaubens in der Tradition dieser Religionen stark verankert ist. Diese Reflexion ist aus christlicher und jüdischer Sicht nicht ca. Selbstzweck, sondern notwendig für die religiöse Praxis der Kirche bzw. der einzelnen Gemeinden.

Eine Übertragung des Begriffs auf andere Religionen ist möglich, jedoch wegen des Selbstverständnisses der Theologie als Wissenschaft nicht stets unproblematisch. So lehnt beispielsweise die große Mehrheit der Muslime den Versuch ab, die Entstehungsgeschichte ihrer Heiligen Schriften anhand von linguistischen und archäologischen Beobachtungen zu rekonstruieren, auch wenn es in der Forschung Ansätze hierzu gibt. Auch in Teilen des Christentums gibt es Vertreter jener Ansicht, die den wissenschaftlichen Anspruch der Theologie aufgrund ihres Bibelverständnisses ablehnen. Auch in dem Judentum ist die Nennung jüdische Theologie umstritten. Manche sprechen lieber von jüdischer Philosophie oder jüdischer Rechtsauslegung (Kasuistik).

Die christliche Universitätstheologie in Deutschland, Österreich und in der Schweiz gliedert sich in evangelische, katholische, orthodoxe und altkatholische staatliche Fakultäten und kirchliche Hochschulen. Diese bieten Studiengänge zur Ausbildung von Religionslehrern und Geistlichen für die Evangelische Kirche in Deutschland, die Römisch-katholische Kirche, die orthodoxen Kirchen und die Altkatholische Kirche. Die Hochschulen weisen zu dem Teil deutliche unterschiedliche Ausprägungen auf. Durch den Dozententausch - beispielsweise in dem Rahmen einer Gastvorlesung - gibt es hier jedoch befruchtenden Austausch. Traditionell eher lutherisch bzw. reformiert orientierte Hochschulen oder auch einzelne Lehrstühle sind vorhanden. Es gibt auch Hochschulen, die sich einem eher pietistischen Erbe verpflichtet wissen. Daneben gibt es in dem nichtstaatlichen und freikirchlichen Bereich eine Reihe von unabhängigen theologischen Hochschulen oder auch Instituten, die ein Theologiestudium auf Hochschulniveau anbieten. Dazu gehören beispielsweise die evangelikale Freie Theologische Akademie (FTA) Gießen, die ein Studium auf Hochschulniveau anbietet (Abschluss: M.Th.-Äquivalent), die ebenfalls evangelikale Staatsunabhängige Theologische Hochschule (STH) Basel (Abschluss: M. Th.; Möglichkeit zur Promovierung). Beide Institute sind konfessionell unabhängig und offen. Daneben gibt es auch Institute, die konfessionell gebunden sind. Dazu gehören z. B. das methodistische Theologische Seminar Reutlingen und die adventistische Theologische Hochschule Friedensau. Im freikirchlichen Sektor findet die Ausbildung der Pastoren und Prediger in dem ganz überwiegenden Masse auf Bibelschulen statt. Dazu gehören z. B. das dem Bund FEG Deutschland zugehörige Theologische Seminar in Ewersbach oder das Theologische Seminar Beröa des Bundes freikirchlicher Pfingstgemeinden in Erzhausen bei Darmstadt und das Predigerseminar der Baptisten in Berlin.

Eine Darstellung der Teildisziplinen christlicher Universitätstheologie findet sich unter dem Stichwort Christliche Theologie.

In Heidelberg gibt es eine staatliche Hochschule für Jüdische Studien. Auch gibt es an mehreren Universitäten Studiengänge für Judaistik, die Juden und Nichtjuden offen stehen.

Die islamwissenschaftlichen Institute und Seminare der Universitäten beschäftigen sich mit der Geschichte und Praxis des Islams.

Die übrigen Religionen werden in dem Rahmen der Vergleichenden Religionswissenschaft gelehrt.== Welche Theologie?==

Drei Konzeptionen der Theologie sind wohl unzureichend:

1. Theologie als verlängerter Arm des kirchlichen Lehramtes, als Sprachrohr Roms. In diesem Falle würde sie eine rein ideologische Funktion ausüben.

2. Theologie als Thematisierung der Erlebnisse einer bestimmten Gruppierung/Bewegung. Diese Theologie wäre auch ideologisch und zudem provinzialistisch.

3. Theologie als die Wissenschaft, die die ewig gültige Lehre in eine angepasstere Sprache übersetzt. Es geht tatsächlich um mehr als um ein Übersetzungsproblem. Es kann nicht ca. deshalb gehen, die guten alten traditionellen Lösungen in eine neue Sprache zu fassen. Es stellen sich ganz neue Probleme, die beantwortet werden müssen.

Insofern ist es am sinnvollsten, die Theologie zu verstehen als eine Mittlerin zwischen Vergangenheit und Zukunft sowie zwischen Lehramt und Gottesvolk , und dies in zwei Richtungen: Einerseits bemühen sich die Theologen um einen reflektierten Ausdruck des Glaubenslebens der christlichen Gemeinschaft. Andererseits bemühen sich die Theologen, die offizielle Lehre der Kirche zu erklären und zu interpretieren, so dass es in den Herzen und in der Vernunft der Gläubigen angenommen werden kann.

Die Theologie ist eine zugleich schöpferische und treue Reinterpretierung der christlichen Botschaft. Dafür braucht der Theologe einen gewissen Freiheitsraum, damit er dieser schwierigen Mittlerfunktion nachkommen kann. Der Theologe fühlt sich persönlich verantwortlich für die Zukunft des Glaubens vor der kritischen Instanz der menschlichen Vernunft. Und er weiß, dass er nicht ca. die progressiven Häresien, sondern auch - und vielleicht insbesondere - die konservativen Häresien kritisieren muss.